Сюжет «Пингвинов Мадагаскара» развивается вокруг самопровозглашенных коммандос Ковальски, Шкипера, Рико и Рядового, каждый день выполняющих суперсекретные операции на территории и за пределами нью-йоркского зоопарка.

Главными героями является четвёрка самопровозглашенных коммандос Ковальски, Шкипера, Рико и Рядового, которые каждый день выполняют сверхсекретные операции в нью-йоркском зоопарке, время от времени, выходя за его пределы в город. И когда отряд уже думает, что город уже ими контролируется, у них возникает новый сосед — король Джулиан.

Уже вот-вот наступит Новый Год и все обитетели Центрального Зоопарка готовятся к его встрече. Пингвины украсили своё жилище и мечтают о черно-белом празднике, когда юный Рядовой, осматривая Зоопарк видит, что Белый Медведь грустит в одиночестве. Рядовой в кругу своих товарищей решает, что никто не заслуживает таких праздников и придумывает план помощи собрату. Он тайком покидает Зоопарк и отправляется в город для набегов на магазины, в которых продаются новогодние подарки...

По вине «Мадагаскарской» компании Санта-Клаус терпит аварию и оказывается на Мадагаскарском острове. Потеря памяти в результате аварии угрожает срыву праздника. Алекс, Марти, Мелман и Глория берутся доставить подарки детям. Заодно они думают вернуться в Нью-Йорк на санках Санты…

Лев Алекс, жираф Мелман, зебра Марти и гиппопотамиха Глория - животные, которым итак неплохо жилось в Нью-Йоркском зоопарке, но которые все же решились на побег. Потерпев кораблекрушение, они оказались на безлюдном и экзотическом острове - Мадагаскаре, который населяют фоссы, охотящиеся за лемурами. Теперь беглецы понимают, насколько им хорошо жилось в зоопарке.

Здесь уже нет любивших их людей, клеток, которые защищали бы их от окружающего мира, бесплатной еды. Теперь начинается шоу "Последний герой" но уже с участием животных. Сбежавшие друзья обязаны выжить в новой и непривычной для них среде обитания, где на каждом шагу их поджидает опасность.

Сюжет «Пингвинов Мадагаскара» строится вокруг самопровозглашенных коммандос Ковальски, Шкипера, Рико и Рядового, выполняющих ежедневные сверхсекретные операции на территории нью-йоркского зоопарка, иногда пробираясь в метро и подземные коммуникации. И когда отряд начинает думать, что город находится под их контролем, у них появляется новый шебутной сосед - король Джулиан.
Канал Nickelodeon расширил пингвинье телеответвление «Мадагаскара» до 52 выпусков. Сериал стартует 28 марта в эфире Annual Kids' Choice Awards. Увеличить количество запланированных эпизодов Nickelodeon позволили предварительные показы, устроенные в уик-энд Дня Благодарения и собравшие у экранов 14-миллионную аудиторию.

Это продолжение истории о побеге из Нью-Йоркского зоопарка четырх животных - жирафа Мелмана, бегемотихи Глории, зебры Марти и льва Алекса, которые не оправдали своих надежд относительно жизни на воле. Теперь они решают сбежать с острова Мадагаскар. По воле судьбы, они попадают в Африку, где Алекс встретил свою семью, с которой люди разлучили его в детстве. И тут Алекс понимает, что пожив в зоопарке, у него осталось очень мало общего со своими предками.